La estructura operacional de Fundación Movámonos se organiza de manera flexible y funcional, permitiendo responder de forma eficiente a las necesidades territoriales y programáticas de la organización. En el nivel superior se encuentra el Directorio, órgano responsable de la definición estratégica, la supervisión institucional y la toma de decisiones relevantes para el cumplimiento de la misión.
La gestión operativa es liderada por la Dirección Ejecutiva, encargada de la planificación, coordinación y ejecución de las acciones institucionales, así como de la articulación con el Directorio y actores externos. Bajo esta dirección se despliegan los distintos equipos y áreas de trabajo.
La fundación cuenta con Coordinadores Territoriales, responsables de la representación institucional en los territorios, el vínculo con comunidades y establecimientos educacionales, y la implementación de programas y actividades a nivel local.
El Área de Administración apoya transversalmente el funcionamiento de la organización, abordando funciones de vinculación institucional, formulación y seguimiento de proyectos, gestión del voluntariado, procesos de fidelización y comunicaciones.